A FIEPA possui sete conselhos temáticos. Esses conselhos são grupos técnicos permanentes que trabalham auxiliando a instituição nas atividades e campanhas do setor industrial. As atividades de cada conselho abrangem áreas que tratam do desenvolvimento social e econômico, como tributos, logística e energias limpas.
Os conselhos temáticos da FIEPA são os seguintes:
Conselho Temático de Infraestrutura (COINFRA)
Presidente: José Maria Mendonça
Conselho Temático de Meio Ambiente e Sustentabilidade (COEMAS)
Presidente: Deryck Martins
Conselho Temático de Responsabilidade Social (CORES)
Presidente: Ana Carolina Alves
Conselho Temático de Assuntos Legislativos (CAL)
Presidente: Francisco Victer
Conselho Temático de Micro e Pequena Empresas (COMPEM)
Presidente: Solange Mota
Conselho Temático de Relações do Trabalho (CRT)
Presidente: Nilson Azevedo
Conselho Temático de Assuntos Tributários e Fiscais (CONTRIF)
Presidente: Odilardo Ramos de Araújo